Kinder, die eine expansive genetische Sequenzierung kann nicht immer die Gründliche DNA-Analyse Ihre Eltern erwarten, sagen Experten am UT Southwestern Medical Center.
Eine überprüfung der klinischen tests von drei großen US-Labors zeigt die ganze exom-Sequenzierung routinemäßig schlägt fehl, um adäquat auf die Analyse großer DNA-Segmente, die eine potenziell Kritischer Mangel verhindern können, dass ärzte von genau die Diagnose von genetischen Erkrankungen, Epilepsie Krebs.
Die Reanalyse von UT Southwestern zeigt jedem Labor im Durchschnitt ausreichend untersucht, weniger als drei Viertel der Gene—34, 66 und 69 Prozent Reichweite—und hatte erstaunlich große Lücken in Ihrer Fähigkeit zum erkennen bestimmter Erkrankungen.
Die Forscher sagen, Sie haben die Studie, weil Sie glauben, große Unterschiede in der Qualität der Tests sind endemisch in der klinisch-genetischen Sequenzierung, aber nicht gut dokumentiert oder gemeinsam mit Klinikern.
“Viele der ärzte, die diese tests nicht weiß, das ist passiert”, sagt Jason Park, M. D., Ph. D., außerordentlicher professor der Pathologie an der UT Southwestern. “Viele Patienten, die Ihren Jungen Kindern mit neurologischen Störungen, und Sie wollen Holen Sie sich die umfassendste Diagnose-test. Aber Sie erkennen nicht ganze exom-Sequenzierung kann etwas vermissen, dass ein gezielter Gentest finden würde.”
Ganze exom-Sequenzierung, eine Technik für die Analyse von protein-produzierenden Gene, wird zunehmend im Gesundheitswesen eingesetzt, um zu identifizieren, genetische Mutationen, die Krankheiten hervorrufen—vor allem bei Kindern aber auch bei Erwachsenen mit seltenen und nicht diagnostizierten Erkrankungen. Allerdings, Park erklärt, den Prozess der umfassenden Analyse der rund 18.000 Gene in einer exom ist von Natur aus schwierig und anfällig für Flüchtigkeitsfehler. Über die Hälfte der tests nicht lokalisieren, eine mutation.
Die neue Studie, veröffentlicht in der Klinischen Chemie gibt einen Einblick in, warum einige Analysen kommen wieder negativ.
Forscher re-analysiert 36 Patienten exom-tests durchgeführt, die zwischen 2012 und 2016-12 aus jedem der drei nationalen klinischen Labor—und kontrastreiche Ergebnisse und Inkonsequenz, mit der Gene wurden vollständig analysiert. Ein gen wurde als nicht vollständig ausgewertet, es sei denn, das Labor erfüllt eine in der Industrie akzeptierte Schwellenwert für die angemessene Analyse der gesamten DNA kodiert für protein, das definiert ist als die Sequenzierung, dass segment mindestens 20 mal pro test.
Insbesondere weniger als 1,5 Prozent der Gene waren vollständig Analysierte in allen 36 Proben. Eine überprüfung der ein lab tests zeigten 28 Prozent der Gene waren nie ausreichend untersucht und nur 5 Prozent waren immer abgedeckt. Ein anderes Labor konsequent abgedeckt, 27 Prozent der Gene.
“Und die Dinge wirklich beginnen, auseinander zu fallen, wenn Sie beginnen, denken über die Verwendung dieser tests, um auszuschließen, eine Krankheit,” Park erklärt. “Eine negative exom-Ergebnis ist bedeutungslos, wenn so viele der Gene sind nicht gründlich genug analysiert.”
Zum Beispiel, die Chancen für die Erkennung eines epileptischen Störung von jeder von den 36 tests variiert je nachdem, welche Gene analysiert wurden. Ein Labor durchgeführt, mehrere Patienten-tests, die gründlich untersucht werden mehr als drei Viertel der Gene, die im Zusammenhang mit Epilepsie, aber das gleiche Labor war mit drei anderen Patienten-Proben, in denen weniger als 40 Prozent wurden vollständig analysiert.
Drei tests aus einem anderen Labor lag bei unter 20 Prozent.
“Als wir sahen, dieser Daten wir machten es zu einer regelmäßigen Praxis zu Fragen, die Labore über die Abdeckung von spezifischen Genen,” sagt Garrett Gotway, M. D., Ph. D., ein klinischer Genetiker am UT Southwestern, die der entsprechende Autor der Studie. “Ich glaube nicht, Sie können erwarten, eine vollständige Abdeckung von 18.000 Gene jedes mal, aber es ist fair zu erwarten, dass 90 Prozent oder mehr.”
Die Ergebnisse bauen auf der bisherigen Forschung, die zeigte, dass ähnliche Lücken und Unterschiede in whole genome sequencing, eine Technik, die untersucht, wie alle Arten von Genen, unabhängig davon, ob diese Proteine zu produzieren.
Gotway sagt, er hofft, dass die Erkenntnisse fordert mehr ärzte zu Fragen labs darüber, welche Gene bedeckt waren, und push für eine verbesserte Konsistenz in der Qualität der Tests. Er fördert auch die ärzte—auch vor der Bestellung des test—zu prüfen, ob die gesamte exom-Sequenzierung ist die beste Vorgehensweise für den Patienten.
“Klinische exomes die hilfreich sein können in komplexen Fällen, aber Sie wahrscheinlich nicht brauchen, wenn ein Kind hat Epilepsie und keine anderen erschweren klinischen Probleme,” Gotway sagt. “Es gibt eine gute chance der exom-test kommt wieder negativ, und die Eltern sind immer noch am Rätseln über die genetische basis für Ihr Kind die Krankheit.”
